金识原(GenseqPM)感染病原高通量检测

金匙医学案例追踪二十四:慢性阻塞性肺病伴肺脓肿,mNGS抽丝剥茧探真凶

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  • 来源:
  • 发布时间:2020-10-18 10:12
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【概要描述】 患者男,78岁,主诉:反复咳嗽、咳痰、气促10年,加重伴发热2天。镜下留取肺泡灌洗液送痰培养及NGS检测

金匙医学案例追踪二十四:慢性阻塞性肺病伴肺脓肿,mNGS抽丝剥茧探真凶

【概要描述】 患者男,78岁,主诉:反复咳嗽、咳痰、气促10年,加重伴发热2天。镜下留取肺泡灌洗液送痰培养及NGS检测

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  1、病史及主诉

 

  患者男,78岁,于2020-6-9日入院,既往鼻咽癌并行放化疗史。主诉:反复咳嗽、咳痰、气促10年,加重伴发热2天。现病史:患者10年前起无明显诱因渐出现咳嗽,咯少量白色粘痰,伴活动后气促,无喘鸣,多发于秋冬季及天气变化时,每年发作累计多于3个月,闻到刺激性气味无诱发咳嗽,气喘,无潮热、盗汗,无咯浓痰、血痰等不适,曾于本院住院,诊断“慢性阻塞性肺疾病”,长期门诊治疗,症状时有反复。2天前咳嗽、气促加重,咯较多黄痰,伴发热,体温最高38.5℃,无胸闷、胸痛,无夜间阵发性呼吸困难,无全身酸痛等不适,遂到我院急诊就诊,胸片示双肺感染,新冠病毒核酸未检出,今入院进一步治疗。本次起病以来,患者无畏寒发热,无胸闷胸痛,精神胃纳一般,大小便正常,近期体重无明显下降。

 

  2、诊治过程

 

  入院后体查

 

  患者体温36.5℃,脉搏86次/分,血压125/68mmHg,呼吸:20次/分,患者神清,体型消瘦,颈软,气管位置居中,桶状胸,肋间隙增宽,呼吸音稍弱,双下肺闻少量湿啰音,心率86次/分,心律规则,律齐,心音正常,各瓣膜听诊区未闻及杂音,双下肢无水肿。2020-6-9日急诊床边胸片提示:1.肺气肿;双肺多发肺大泡形成,大致同前。2.考虑双肺轻度感染,部分纤维灶,请治疗后复查。3.主动脉硬化、迂曲,同前。4.胸椎退行性变,同前。入院后完善相关检查:血常规:中性粒细胞百分比88.9%↑;白细胞计数22.05* 10^9/L↑;红细胞计数4.13*10^12/L↓;血气分析:实测酸碱度7.489↑;测定二氧化碳分压4.46kPa↓;PRO-BNP619pg/ml↑;PCT 1.39ng/ml↑;红细胞沉降率97mm/h↑。

 

  3、现行治疗方案与效果

 

  入院后予头孢他啶注射液抗感染,并予化痰、扩张支气管等治疗,患者仍有气促,活动后为主,且反复发热,考虑头孢他啶抗感染效果欠佳,遂于2020-6-12日更改为哌拉西林他唑巴坦注射液抗感染,并于2020-6-16日完善胸部CT提示:1.右肺上中叶大量感染,考虑脓肿形成,请治疗后复查。2.肺气肿;双肺多发肺大泡形成,大致同前。3.双肺慢性间质性改变大致如前;双肺少许纤维增殖灶。4.右肺门及纵隔淋巴结轻度肿大。5.右侧胸膜增厚,右侧胸腔少量积液。考虑患者肺感染严重,合并肺脓肿,于2020-6-19日完善气管镜检查,镜下留取肺泡灌洗液送痰培养及NGS检测。

 

  4、mNGS检查

 

  6月21日外周血mNGS回报:铜绿假单胞菌,小细环病毒18型

 

  BALF的mNGS回报:

 

  细菌:鲍曼不动杆菌杆菌,101375序列

 

  粪肠球菌,10522序列

 

  铜绿假单胞菌,7514序列

 

  嗜麦芽窄食单胞菌,188序列

 

  真菌:白色念珠菌3090序列,黄曲菌序列1

 

  病毒:人类疱疹病毒5型(CMV)26序列,人类疱疹病毒4型(EBV)13序列;人多瘤病毒7型12序列

 

  耐药基因检出列表:OXA-73(Klebsiella pneumonia 肺炎克雷伯菌) 31序列;OXA-50(Pseudomonas aeruginosa 铜绿假单胞菌) 20序列,同时2020-6-22日痰培养提示:铜绿单胞菌生长,鲍曼不动杆菌复合菌生长(多重耐药,耐哌拉西林他唑巴坦,耐亚胺培南,耐头孢哌酮舒巴坦;耐左氧氟沙星,对替加环素敏感)

 

  血液mNGS结果:

 

 

  BALF的mNGS结果:

 

 

  6、治疗体会

  该患者是一名慢性阻塞性肺疾病患者,病史多年,平素肺功能欠佳,且有鼻咽癌病史,体质欠佳,此次因感染加重入院,CT提示肺部感染明显进展合并肺脓肿,经血及BALF标本的NGS送检,可在最短时间内获取到病原菌的信息,对临床抗生素的指导治疗具有重要意义,尤其适用于重症感染的患者或发热原因不明及特殊病原体感染的患者。

 

 

  另外mNGS对细菌耐药也给出了良好提示。在医院的痰培养报告中,鲍曼不动杆菌对头孢、哌拉西林耐药,符合mNGS回报的耐药检出。mNGS检出铜绿假单胞菌对青霉烷类耐药,痰培养回报对二代头孢耐药,对替卡西林·克拉维酸为中敏,对环丙沙星、阿米卡星等敏感,结合临床用药效果,也是符合的。

 

  关于金匙医学

 

  “金匙Genskey”取“基因钥匙”的含义,寓意企业以基因科技作为破解感染诊断难题的金钥匙。金匙医学的核心技术是感染病原高通量检测技术,为广大医疗工作者提供全面、准确、快速的病原微生物检测产品及服务。金匙医学研发中心坐落于北京中关村昌平生命科学园,是中关村高新企业,第三方医学检验所分别位于北京、天津、上海、广州,另在天津建有GMP车间,生产病原诊断医疗器械。

 

  金匙医学已获得数个I类,II类注册证,2项已授权发明专利,二十余项计算机软著。并与多家顶级临床院所深入合作,发表4篇高分SCI文章。在新型冠状病毒疫情期间,金匙医学联合四川大学华西医院开展SARS-Cov-2变异分析研究,并在国际病毒学权威杂志Journal ofVirology发表合作研究论文。

 

  金匙医学与中日友好医院、北京大学人民医院、首都医科大学附属北京同仁医院、四川大学华西医院、中国医学科学院血液学研究所血液病医院、河南省肿瘤医院、陆道培医疗集团等顶级院所建立了深入合作关系,面向呼吸、血液、检验、重症、感染等科室,提供病原微生物宏基因组诊断产品及检测服务的整体解决方案。

 

  金匙医学开发的“新型冠状病毒(2019-nCoV)IgM/IgG抗体检测试剂盒(胶体金法)”、“新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测试剂盒(荧光PCR法)”和“新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测试剂盒(可逆末端终止法)”均已取得CE准入资格。2020年7月,金匙医学研发的病原微生物测序数据分析软件”成功获得医疗器械注册证,该软件提供包括细菌、支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体、病毒以及真菌的最全类别病原信息,将为临床感染性疾病的诊治提供重要且更为全面的参考。

 

  金匙医学已获得国家级科技型中小企业、天津市雏鹰企业、天津市战略性新兴产业领军企业等荣誉称号;在CHC医疗咨询联合中信证券在线发布的“2019年度中国医疗大健康产业投融资荣誉榜”中荣获“中国医疗健康产业最佳新锐奖”;在“2020年中关村国际前沿科技创新大赛”中荣登“病毒检测技术专场TOP10榜单”。

 

 

 

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