金识原(GenseqPM)感染病原高通量检测

金匙医学案例追踪三十:mNGS助力精准锁定致病原,让八旬老人转危为安

【概要描述】患者,女性,83岁,因心肺功能欠佳住院。6次血培养阴性;PICC导管尖端培养结果阴性;尿培养结果阴性。两次痰培养结果:大肠埃希菌。6次血培养阴性;PICC导管尖端培养结果阴性;尿培养结果阴性。血液送检mNGS,一天后结果回报:检出肺炎克雷伯杆菌序列数945条 。停用达托霉素,后患者感染指标逐渐下降,血管活性药物逐渐减量至减停。患者病情好转,感染性休克纠正,转到普通病房继续治疗。   

金匙医学案例追踪三十:mNGS助力精准锁定致病原,让八旬老人转危为安

【概要描述】患者,女性,83岁,因心肺功能欠佳住院。6次血培养阴性;PICC导管尖端培养结果阴性;尿培养结果阴性。两次痰培养结果:大肠埃希菌。6次血培养阴性;PICC导管尖端培养结果阴性;尿培养结果阴性。血液送检mNGS,一天后结果回报:检出肺炎克雷伯杆菌序列数945条 。停用达托霉素,后患者感染指标逐渐下降,血管活性药物逐渐减量至减停。患者病情好转,感染性休克纠正,转到普通病房继续治疗。

  

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  1、 基本资料

 

  患者,女性,83岁,因心肺功能欠佳住院。患者既往“脑梗死”病史2年,“气管切开”2年,“心律失常、心功能不全”病史10年,“慢性肾功能不全”病史2年。近期患者病情相对稳定,间断呼吸机辅助呼吸,08-01患者出现发热,最高38.3℃,伴咳嗽咳痰,痰液稀薄,为白粘痰。

 

  2、入院后的检查结果和诊断

 

  患者神志清楚,间断呼吸机辅助呼吸。

  查体:T 36.3℃ P 66次/分 R20次/分 BP 124/44mmHg 指氧100% 神志清楚,气管切开,双肺呼吸音粗,可闻及少许湿性啰音;心率66次/分,律齐,各瓣膜听诊区未闻及明显病理性杂音;腹平坦,压痛、反跳痛查体不合作,无肌紧张,肝脾未触及;四肢肌力查体不合作,肌张力正常;双下肢无水肿。

  血常规:白细胞12.80×109/L,中性粒细胞比率 78.3%,血红蛋白 102g/L,红细胞 3.05×1012/L,血小板 161×109/L。

  生化:丙氨酸氨基转移酶 14U/L,天门冬氨酸氨基转移酶 16U/L,总蛋白 81.6g/L,白蛋白 34.2g/L,前白蛋白 142mg/L,总胆红素 19.5umol/L,直接胆红素 13.4umol/L,尿素 25.73mmol/L,血肌酐 162.9umol/L,尿酸 244umol/L,血β2微球蛋白 23.05mg/L,胱抑素C 4.18mg/L。

  图1. 床旁胸片

  初步诊断:1、肺部感染?2、泌尿系感染?3、中心静脉导管相关性感染?

 

  因患者长期卧床、间断呼吸机辅助呼吸,胸部CT示双下肺不张,不能除外肺部感染;患者为老年女性,既往糖尿病病史,长期卧床,易出现泌尿系感染,不能除外;患者留置PICC导管,时间较长,亦不能除外,且患者病情进展迅速,后出现感染性休克,导管相关性感染可能性较大。

 

  3、mNGS检测前治疗方案与效果

 

  6次血培养阴性;PICC导管尖端培养结果阴性;尿培养结果阴性。

  两次痰培养结果:大肠埃希菌

  图2.培养结果及药敏试验

 

  患者出现感染后,考虑为院内感染,革兰氏阴性杆菌可能性大,给予经验性应用头孢哌酮舒巴坦,但第二天患者出现血压下降,休克表现,不能完全除外球菌感染,加用替加环素,入院后患者血小板呈下降趋势,考虑原因有两个:1、头孢哌酮舒巴坦血液系统的副作用;2、感染加重影响造血系统,改为美罗培南联合替加环素抗感染,但患者血常规提示白细胞明显升高、血小板明显下降,PCT波动在12-19pg/ml,且血管活性药物剂量明显增加,感染未得到有效控制,但多次血培养及尿培养结果均为阴性,痰培养结果为大肠埃希菌,不能除外中心静脉导管相关性感染,拔除中心静脉导管,考虑球菌可能性大,加用达托霉素抗感染,但抗感染效果差,08-07抽血送检mNGS检测。

 

  4、mNGS检查结果

 

 

  送检一天后,NGS结果回报:检出肺炎克雷伯杆菌序列数945条 人类疱疹病毒4型序列数7条。

  图3.mNGS结果

 

  5、mNGS回报后治疗方案与效果

 

  抗生素应用情况

 

  图4.抗生素应用情况

 

 

  感染指标情况

 

  图5.白细胞及PCT

  图6.血小板及CRP

 

  图7.SAA

 

  mNGS结果回报后为肺炎克雷伯杆菌,停用达托霉素,后患者感染指标逐渐下降,血管活性药物逐渐减量至减停。患者病情好转,感染性休克纠正,转到普通病房继续治疗。

 

  6、治疗体会

 

  患者入院后考虑为PICC相关的血流感染,但血培养、PICC导管尖端培养均为阴性,没有细菌培养的证据前,只能经验性考虑常见的致病菌,例如金黄色葡萄球菌,后患者出现感染性休克,为加强抗感染,加用达托霉素,此时病原仍不明确。送检mNGS后,24小时即回报结果为:肺炎克雷伯菌,停用达托霉素,针对性使用抗生素后,感染性休克纠正,患者病情好转。

 

  对于重症科室来说,常规的病原诊断手段中,各种培养的致病菌检出率极低,无法为临床提供良好的病原学证据,往往只能进行经验性抗感染治疗。mNGS敏感性好,特异性强,并且回报时间短,能很好的为临床解决病原诊断问题,不失为血流感染患者明确诊断的一个好选择。

 

  该病例中,在明确病原之前,经验性的在美罗培南基础上加用达托霉素,虽然实现了病原的广覆盖,但同时也增加了患者的住院经济负担,mNGS明确病原后,停用了达托霉素,仅仅使用美罗培南,患者病情迅速好转。这就很好的实现了mNGS对于临床的重要意义——精准诊断和精准治疗,同时也大大减少了患者的住院费用。

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  关于金匙医学

 

  “金匙Genskey”取“基因钥匙”的含义,寓意企业以基因科技作为破解感染诊断难题的金钥匙。金匙医学的核心技术是感染病原高通量检测技术,为广大医疗工作者提供全面、准确、快速的病原微生物检测产品及服务。金匙医学研发中心坐落于北京中关村昌平生命科学园,是中关村高新企业,第三方医学检验所分别位于北京、天津、上海、广州,另在天津建有GMP车间,生产病原诊断医疗器械。

 

  金匙医学已获得数个I类,II类注册证,2项已授权发明专利,二十余项计算机软著。并与多家顶级临床院所深入合作,发表4篇高分SCI文章。在新型冠状病毒疫情期间,金匙医学联合四川大学华西医院开展SARS-Cov-2变异分析研究,并在国际病毒学权威杂志Journal ofVirology发表合作研究论文。

 

  金匙医学与中日友好医院、北京大学人民医院、首都医科大学附属北京同仁医院、四川大学华西医院、中国医学科学院血液学研究所血液病医院、河南省肿瘤医院、陆道培医疗集团等顶级院所建立了深入合作关系,面向呼吸、血液、检验、重症、感染等科室,提供病原微生物宏基因组诊断产品及检测服务的整体解决方案。

 

  金匙医学开发的“新型冠状病毒(2019-nCoV)IgM/IgG抗体检测试剂盒(胶体金法)”、“新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测试剂盒(荧光PCR法)”和“新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测试剂盒(可逆末端终止法)”均已取得CE准入资格。2020年7月,金匙医学研发的病原微生物测序数据分析软件”成功获得医疗器械注册证,该软件提供包括细菌、支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体、病毒以及真菌的最全类别病原信息,将为临床感染性疾病的诊治提供重要且更为全面的参考。

 

  金匙医学已获得国家级科技型中小企业、天津市雏鹰企业、天津市战略性新兴产业领军企业等荣誉称号;在CHC医疗咨询联合中信证券在线发布的“2019年度中国医疗大健康产业投融资荣誉榜”中荣获“中国医疗健康产业最佳新锐奖”;在“2020年中关村国际前沿科技创新大赛”中荣登“病毒检测技术专场TOP10榜单”,同时在2020年荣获国家高新技术企业称号。

 

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