【文献速递】基于mNGS的成人重症社区获得性肺炎的病原学研究

发布时间：

2021-09-15

重症社区获得性肺炎(SCAP)是重症监护病房(ICU)最常见的传染病之一，死亡率为30-50%。早期识别病原体是实施精确抗菌治疗的基础，对患者预后有重要影响。然而，传统的微生物检测方法在CAP患者中只有30-40%的病原体检出率。支气管肺泡灌洗液(BALF)的宏基因组测序(mNGS)技术有望提高SCAP的病原学鉴定水平。

文献信息

　　题目：基于mNGS的成人重症社区获得性肺炎的病原学研究：一项前瞻性多中心研究

　　发表期刊：Infect Dis Ther

　　IF：4.307

研究背景

研究对象

2018年6月至2020年2月在上海、长沙、杭州、常州、南京和深圳的7家综合医院ICU住院的成年SCAP患者(年龄≥18岁)。

研究方法

采用mNGS技术和常规微生物检测方法检测BALF样本。常规方法包括染色镜检、培养、血清学、多重实时荧光定量PCR。

研究目的

探讨成人SCAP病原学和BALF样本mNGS检测的诊断价值。

研究结果

1、患者特征

共329名患者参与了研究(如下图)，在ICU入院时，280名患者(85.1%)已经接受了经验性抗生素治疗。

2、mNGS与常规方法病原检测比较

mNGS的总微生物检出率为90.3%，常规方法为39.5%(P <0.05)。联合检测有92.4%的患者获得了明确或可能的SCAP致病原(如下图)。

76.6%患者经mNGS检出细菌，28.9%患者培养出细菌。常见细菌依次是肺炎链球菌(14.9%)、流感嗜血杆菌(10.0%)、金黄色葡萄球菌(9.1%)、肺炎克雷伯菌(8.2%)、鹦鹉热衣原体(7.3%)和嗜肺军团菌(6.4%)。

mNGS检出真菌41例(12.5%)，其中耶氏肺孢子菌29例(8.8%)，仅有8例经常规亚甲胺银染色确诊。

mNGS联合PCR方法共检出148例(45.0%)病毒。常见病毒依次是鼻病毒(9.4%)、甲型流感病毒(6.4%)、巨细胞病毒(5.8%)和腺病毒(5.5%)。值得注意的是，在1例患者中只有mNGS检测出了恙虫病东方体和豚鼠耳炎诺卡菌两种罕见病原体。

3、免疫功能正常和免疫功能低下的患者菌谱差异

免疫功能正常和免疫功能低下的患者菌谱存在差异(如下图)。免疫功能正常的患者中，肺炎链球菌(14.8%)最常见，其次是鼻病毒(9.8%)、流感嗜血杆菌(9.1%)、金黄色葡萄球菌(8.7%)、鹦鹉热衣原体(8.0%)和嗜肺军团菌(7.2%);免疫功能低下患者中，耶氏肺孢子菌(44.6%)最常见，其次是肺炎克雷伯菌(18.5%)、肺炎链球菌(15.4%)、流感嗜血杆菌(13.8%)和铜绿假单胞菌(13.8%)。

4、混合感染

在329例患者中使用mNGS联合常规方法进行检测，117例(35.9%)仅有1种潜在病原体，60例(18.2%)有2种潜在病原体，73例(22.2%)有3种潜在病原体，54例(16.41)至少有4种潜在病原体。在免疫功能正常的患者中，细菌-病毒混合感染和细菌-细菌混合感染是最常见的组合;而在免疫功能低下的患者中，细菌-真菌-病毒混合感染和细菌-真菌混合感染是最常见的组合(如下图)。值得注意的是，所有假肺炎链球菌、细小脲原体、曲霉菌、念珠菌、副流感病毒、 RSV、肠道病毒、CMV、EBV、HSV1和TTV都被鉴定为混合感染病原体。

5、对抗生素治疗的影响

根据mNGS检测的微生物学结果，174例(52.9%)患者的初始经验性抗菌药物的数量或抗菌谱减少，86例(26.1%)患者增加，69例(21.0%)患者没有变化(如下表)。

研究结论

1、BALF mNGS检测成人SCAP有较高的微生物检出率(92.4%)。

2、SCAP病原在免疫功能正常和免疫功能低下的患者之间存在差异。

3、mNGS检测可能是早期识别SCAP潜在病原的有力工具，从而启动精确的抗菌治疗。

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