金识原(GenseqPM)感染病原高通量检测

"匙"事求是(第39期): 1例外瓶霉所致颅内感染病例分享

"匙"事求是(第39期): 1例外瓶霉所致颅内感染病例分享

患者老年女性,既往高血压、冠心病、糖尿病、脑梗塞病史。以意识障碍、发热为主要症状,发热时间长达一月余,经积极抗感染治疗效果欠佳。我科予脑脊液mNGS检查为皮炎外瓶霉所致颅内感染,予伏立康唑治疗后,患者体温及感染指标有明显下降,同时意识状态也明显好转。 对于中枢神经系统真菌感染很少见,表现非特异性的,诊断非常困难。CSF 的临床宏基因组 NGS 可以指导神经侵袭性感染的早期和更有针对性的治疗
"匙"事求是(第38期): 脓胸--"不要问我从哪里来"

"匙"事求是(第38期): 脓胸--"不要问我从哪里来"

这个病例是一个较为典型的脓胸病例。在患者后期的胸水培养及涂片结果为阴性,且病情变化的情况下,选择送检mNGS,病原体筛查结果给了临床治疗的信心。在患者的治疗过程中,临床及时有效的采取了引流加胸腔灌洗的方式,调整用药,经过短期治疗患者情况有非常明显的好转。总结这个脓胸病例的成功有两点:1,充分的引流加胸腔灌洗。2,NGS的及时送检,反馈的结果临床及时的去调整抗生素的使用。
"匙"事求是(第37期): 老年白血病化疗后重症感染1例

"匙"事求是(第37期): 老年白血病化疗后重症感染1例

本文是一位老年的白血病患者化疗过程中出现感染的案例,患者因乏力、粒细胞减少入院,经骨穿明确诊断为:急性髓系白血病M5型,常规化疗后出现发热,经验性给予“美罗培南+卡泊芬净+利奈唑胺”广覆盖抗感染后,NGS结果提示阿萨希丝孢酵母菌,后期院内血培养验证为阿萨希丝孢酵母菌感染,调整为两性霉素B抗感染后,患者体温控制,后期经过多次NGS检测,阿萨希丝孢酵母菌不断减少,直至随访复查NGS检出阿萨希丝孢酵母菌为阴性,之后的化疗期间未出现发热,效果非常好。NGS技术有着更敏感快速的优点,早期进行病原微生物的NGS检测可快速为临床提供病原学检查结果,指导抗菌素的应用或更换。续贯地进行病原微生物的NGS检测,可能对临床抗感染疗效的判断有一定帮助,进一步指导停药时机。
"匙"事求是(第36期): 极重型再生障碍性贫血合并感染一例

"匙"事求是(第36期): 极重型再生障碍性贫血合并感染一例

 这是一位老年患者,确诊极重型再生障碍性贫血明确,在治疗过程中出现了发热,肺CT提示右下肺结节影,虽然血培养检出大肠杆菌,经过经验性广覆盖抗感染(美罗培南、万古霉素、卡泊芬净、头孢他啶/阿维巴坦等)治疗后,效果不佳,患者仍有发热,最终依靠mNGS技术检出:嗜麦芽窄食单胞菌,后期血和咽拭子培养验证无误,经过换用抗生素后,患者治愈。对于长期且严重粒细胞缺乏的患者极易发生威胁生命的感染,因此明确病原微生物对于治疗感染及患者预后至关重要。如果传统检测手段未明确感染致病原,广谱抗感染治疗短时间未能控制感染时,可以应用mNGS手段积极寻找致病菌。mNGS技术对于明确病原微生物有重要作用,尤其是血流感染,比血培养更快,更敏感,能更早地指导临床抗感染药物的应用。
"匙"事求是(第35期): 剥丝抽茧,见微知著——一例AIDS患者病例分享

"匙"事求是(第35期): 剥丝抽茧,见微知著——一例AIDS患者病例分享

该病例是一个艾滋病晚期机会性感染较为典型的临床病例。艾滋病晚期,患者因免疫功能低下容易出现各种机会性感染,如肺感染(常见病原体有真菌、细菌、病毒、耶氏肺孢子虫、结核杆菌、非结核分枝杆菌等,也可以是以上多种病原体混合感染),中枢神经系统感染(隐球菌、结核/非结核分枝杆菌、弓形虫、病毒等),重症消化道感染以及泌尿道感染,如果上述感染得不到有效控制都可能导致艾滋病患者临床预后不佳,甚至危及生命,正因为艾
【重磅】王辉教授课题组研究成果在《Clinical Chemistry》杂志发表

【重磅】王辉教授课题组研究成果在《Clinical Chemistry》杂志发表

2021年6月,北京大学人民医院检验科王辉教授课题组与金匙医学研发团队合作,在国际著名学术期刊《Clinical Chemistry》(IF=8.327)上发表题为“Clinical Evaluation of an Improved Metagenomic Next-Generation Sequencing Test for the Diagnosis of Bloodstream Infec
【规范与指南】血液样本微生物游离DNA的NGS检测原理与应用

【规范与指南】血液样本微生物游离DNA的NGS检测原理与应用

已知可引起人类疾病的微生物多于1000种,病原学的探寻始终是感染性疾病诊治的重要环节,对于一些类型的感染性疾病,病因的探求仍然存在很大的困难,尤其对于血流感染,超过50%尚不能明确病因。随着病原NGS的广泛应用和不断成熟,已成为感染检测的重要手段。本文将以血液样本的病原微生物NGS检测为主要内容,对其检测流程、特征、临床应用、阈值、性能验证与质控进行介绍与分享。
广东省人民医院联合华南理工大学、金匙医学合作发表SARS-CoV-2感染快速灵敏环介导等温扩增试验的建立及临床应用

广东省人民医院联合华南理工大学、金匙医学合作发表SARS-CoV-2感染快速灵敏环介导等温扩增试验的建立及临床应用

研究主要基于SARS-CoV-2 S基因设计特异性引物构建了SARS-CoV-2的逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测体系,该体系仅需恒温60-65℃反应,无需大型PCR扩增设备。作者在两个前瞻性队列以及无症状携带者的不同类型样本中对RT-LAMP方法进行了临床验证,还采用其他呼吸道病毒感染患者和健康对照的鼻咽拭子测试RT-LAMP的特异性。同时采用常规的RT-qPCR进行对比检测,RT-q
"匙"事求是(第34期): 从外到内,疱疹病毒脑炎

"匙"事求是(第34期): 从外到内,疱疹病毒脑炎

带状疱疹多见于中老年患者,50岁以上的老年人占本病患者总数的90%。带状疱疹所致的神经痛在临床也相当常见,但带状疱疹脑炎较为罕见,其发病机制可能是病毒直接侵犯脑组织,平均出现皮疹9天后出现神经系统病损的症状。 本病例在皮疹2天后就出现精神症状、认知功能下降,但头颅MRI检查均未见明显异常,在常规抗感染治疗,炎症指标有下降,但患者认知功能障碍恢复欠佳,自身免疫抗体检测阴性,临床考虑存在脑炎的可能,
"匙"事求是(第33期): mNGS拨云见日显晴天

"匙"事求是(第33期): mNGS拨云见日显晴天

本例患儿年龄小,病情重,入院时即为重症肺炎合并ARDS,因此,争分夺秒地尽早确定病原进行针对性治疗至关重要。对于这个年龄段的婴儿,常见病原无法解释该患儿病情的严重程度,经验性治疗恐难控制日益加重的病情,因此,利用所有可用病原学检测手段,最终确定了巨细胞病毒,这是临床并不常见的病原,如果没有病原学资料,经验性治疗一般不会覆盖到这种病原。 这个病例通过mNGS送检,不仅帮我们明确了之前巨细胞病毒的准
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