金识原(GenseqPM)感染病原高通量检测

金匙医学案例追踪十:恼人的肠球菌

  • 分类:诊断案例
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  • 来源:
  • 发布时间:2020-04-18 14:50
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【概要描述】 金识原®️从一男性患者脑脊液中检出屎肠球菌(Enterococcus faecium),序列数2173条,基因组覆盖5.696147%;肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae),序列数14条,基因组覆盖0.038048%。

金匙医学案例追踪十:恼人的肠球菌

【概要描述】 金识原®️从一男性患者脑脊液中检出屎肠球菌(Enterococcus faecium),序列数2173条,基因组覆盖5.696147%;肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae),序列数14条,基因组覆盖0.038048%。

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  案例介绍:

 

  患者男,临床诊断和主诉颅内感染住院治疗。

 

  常规检查:

 

  白细胞计数(WBC):13.5*10^9/L;淋巴细胞比率:8.6;中性粒细胞比率: 80.03;

 

  培养鉴定结果: 阴性

 

  为了进一步明确病原,取患者脑脊液到金匙医学做金识原®️mNGS检查,送检一天后,报告反馈结果如下:

 

 

 

  金识原®️从患者脑脊液中检出屎肠球菌(Enterococcus faecium),序列数2173条,基因组覆盖5.696147%;肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae),序列数14条,基因组覆盖0.038048%。

 

  据文献报道,颅内损伤并发颅内感染常见的致病菌为表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌、鲍氏不动杆菌、肺炎克雷伯菌和铜绿假单胞菌。这与我们检出的肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)高度吻合。同时有研究发现,肠球菌属微生物也是引起血流感染的致病菌,其中肠球菌血流感染的主要基础疾病包括心脏病、脓毒症、肺部疾病以及神经系统疾病等,屎球菌血流感染的主要基础疾病包括肝、胆、胰腺以及各种肿瘤、肺部疾病等,这与患者的临床症状也比较相似,给临床提供了更多的参考价值。

 

  知识小课堂-肠球菌(Enterococcus faecium)

 

  病原学特点:

 

  肠球菌(Enterococcus)属于肠球菌属,隶属于细菌域,厚壁菌门,芽孢杆菌纲,肠球菌科。为革兰氏阳性球菌,圆形或卵圆形,呈单个、成对或短链状排列,无荚膜,不形成芽孢,部分菌株有稀疏鞭毛。

 

  临床意义:

 

  肠球菌分布在各种环境中,从土壤、食品、水、动物和植物均可以分离得到,存在于人和动物上呼吸道、消化道、生殖道内。肠球菌属可以引起盆腔感染、免疫力低下宿主的机会感染 、泌尿道感染(UTI)、血流感染(BSI)和感染性心内膜炎等疾病,是医院感染重要病原菌。全球肠球菌血流感染(EBSI)流行趋势正在发生变化,国外报道 EBSI占 9%,位列第 3,仅次于凝固酶阴性葡萄球菌 (CNS)和金黄色葡萄球菌(金葡菌) 。国内早期研究中EBSI占所有BSI病原菌2 %左右。

 

  肠球菌在临床感染多见,是革兰阳性菌中比较“奇葩”的病原菌,几乎能引起全身所有部位感染,近年来随着肠球菌感染的不断增多,以及万古霉素和广谱抗生素的使用,屎肠球菌比例逐步上升,复杂的耐药机制和广泛的天然耐药、获得性耐药直接导致了临床用药的失误,在低年资医生中尤甚。这样一个在临床处理棘手的病原菌竟然属益生菌的范畴,可作为微生物制剂使用。因此,对待肠球菌应有一个合理的认知,在面对肠球菌感染时临床应合理的选用抗生素,以有效应对感染和预防耐药。

 

  用药建议:

 

  肠球菌常对多种抗生素耐药,肠球菌体外药敏显示对氨苄西林保持相当的敏感性,对氨苄西林的敏感率在80%~85%,对万古霉素敏感,耐药率不超过5%,提示治疗肠球菌感染时经验治疗仍可选择氨苄西林作为首选药物,对于肠球菌重症感染可联合万古霉素。一般在临床治疗时多联合用药,首选青霉素或氨苄西林与氨基糖苷类的联合,也可选择万古霉素(或去甲万古霉素)联合氨基糖苷类。对老年人、儿童、妊娠妇女等特殊人群,选择使用抗生素时必须倍加注意。

 

  参考文献

 

  1. 艾克拜尔 加马力,关玉华,曹莹莹。中枢神经系统感染病原菌临床分析[J].中国医院感染学杂志,2013,23(15):3778-3779.
  2. 周庭银主编.临床微生物学诊断与图解:上海科学技术出版社,2012.05:144-146.
  3. 黄仁刚,杨兴祥,喻华,龙姗姗,林健梅,江南.肠球菌属血流感染92例临床及病原菌特点分析[J].中国感染与化疗杂志,2015,15(1):6-10.
  4. 陈亮,李真,刘颖,白鹭,刘佳.肠球菌血流感染的临床特征和预后因素分析[J].中华医院感染学杂志,2017,27(9):1944-1947.
  5. 吴昊 刘泉波 郑锐.肠球菌血流感染研究进展.《中国微生态学杂志》2019年第2期246-249.
  6. Jordi Rello, Laura Campogiani,and Vandana Kalwaje Eshwara.Understanding resistance in enterococcal infections.Intensive Care Medicine volume 46, pages353–356(2020).

 

 关于金匙医学

 

  “金匙Genskey”取“基因钥匙”的含义,寓意企业以基因科技作为破解感染诊断难题的金钥匙。金匙医学研发中心坐落于北京中关村昌平生命科学园,是中关村高新企业,第三方医学检验所分别位于天津、上海,另在天津建有GMP车间,生产病原诊断医疗器械。金匙医学的核心技术是感染病原高通量检测技术,为广大医疗工作者提供全面、准确、快速的病原微生物检测产品及服务。

 

  金匙医学与中日友好医院、北京大学人民医院、四川大学华西医院等顶级医院建立了深入合作关系,面向呼吸、血液、检验等科室,提供病原微生物宏基因组诊断产品及检测服务的整体解决方案。

 

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