金识原(GenseqPM)感染病原高通量检测

金匙医学案例追踪十七:泛耐药鲍曼不动杆菌,mNGS定乾坤

  • 分类:医学研究及应用
  • 作者:探索笔 万鹏
  • 来源:
  • 发布时间:2020-07-22 12:12
  • 访问量:

【概要描述】患者男,64岁,主诉:咳嗽咳痰4月余,加重伴胸闷、呼吸困难3天。mNGS仅需48h就可以对肺泡灌洗液鉴定出结果,同时mNGS检出OXA-73和ADC-82耐药基因,对头孢菌素类、青霉烷等耐药,与痰培养、肺泡灌洗液的培养结果高度一致,展示了宏基因组测序在临床诊断中的优势。

金匙医学案例追踪十七:泛耐药鲍曼不动杆菌,mNGS定乾坤

【概要描述】患者男,64岁,主诉:咳嗽咳痰4月余,加重伴胸闷、呼吸困难3天。mNGS仅需48h就可以对肺泡灌洗液鉴定出结果,同时mNGS检出OXA-73和ADC-82耐药基因,对头孢菌素类、青霉烷等耐药,与痰培养、肺泡灌洗液的培养结果高度一致,展示了宏基因组测序在临床诊断中的优势。

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  • 作者:探索笔 万鹏
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  1、病史及主诉

 

  患者男,64岁,主诉:咳嗽咳痰4月余,加重伴胸闷、呼吸困难3天。

 

  患者2019年12月受凉后出现咳嗽、咳痰、白痰易咳出,在当地诊所以”上呼吸道感染”给予口服药物治疗,咳嗽咳痰未缓解。

 

  2020年2月前患者出现活动时喘息,伴有夜间阵发性呼吸困难,在当地医院门诊诊治,给予口服药物治疗,仍有活动时喘息,较前症状减轻。

 

  4月11日患者休息中出现咳嗽、咳痰症状加重,伴有胸闷、呼吸困难症状,全身大汗,入住当地医院重症监护病房,行气管插管呼吸机应用等治疗。为进一步治疗,4月14日转入省级医院重症医学科,自患者4.11发病来,神志不清,气管插管,留置胃管,留置尿管,大便正常,体重无明显变化。

 

  2、诊治过程

 

  2020-04-14入院检查

 

  患者入院体格检查:

 

  体温36.2℃,脉搏129次/分,呼吸机频率12次/分,血压96/70mmg,两侧瞳孔等大同圆,直径约.5mm,对光反射灵敏,双下肺呼吸音粗,双肺可闻及湿性啰音,无胸膜摩擦音,心前区无隆起,心尖搏动弥散,心浊音界扩大,心率174次/分,心音强弱不齐等,心律绝对不齐,各瓣膜听诊区未闻及杂音,无心包摩擦音。

 

  腹平坦,无腹壁静脉曲张,腹部柔软,无压痛、反跳痛,腹部无包块。

 

  血常规:白细胞18.99( 10`9/L ),红细胞4.78(10`12/L ),血红蛋白143(g/l),血小板125( 10`9/L ),淋巴细胞计数0.69( 10`9/L );中性粒细胞百分比91.7%,, CRP134.73(mg/l),PCT0.3ng/ml

 

  初步诊断

 

  1、心力衰竭心功能Ⅳ级

  2、心律失常快心室率房颤

  3、冠心病陈旧心肌梗死不排除

  4、肺部感染

 

  3、现行治疗方案与效果

 

  患者经验性使用头孢哌酮舒巴坦3.0gQ8治疗,肺炎支原体抗体30.9(AU/ML) ,ENA18项、甲流+乙流快速检测、PCT。

 

  细菌室:抗酸染色、尿常规+沉渣、真菌涂片等检查未见明显异常。

 

 

  4月16日痰涂片镜检可见革兰氏阳性球菌,革兰阴性杆菌,未见到真菌

 

  4月17日外周血、导管血、肺泡灌洗液同时送微生物室和mNGS检查4月18日呼吸道标本(抽出痰)培养回报:泛耐药鲍曼氏不动杆菌4月18日肺泡灌洗液镜检可见革兰氏阴性杆菌,未见真菌4月19日mNGS检测结果回报:外周血、导管血阴性,肺泡灌洗液结果如下:

 

  图 肺泡灌洗液mNGS检测结果

 

  图 肺泡灌洗液mNGS耐药基因检测结果

 

  遂根据结果及结合痰培养结果,高度怀疑患者是泛耐药鲍曼不动杆菌引起的肺部感染,调整抗感染药物(比阿培南600mgQ12)及对症处理。

 

  4月22日微生物肺泡灌洗液培养结果回报:泛耐药鲍曼不动杆菌,血液培养阴性,再次确认致病菌是鲍曼不动杆菌。

 

  (泛耐药定义为对常用的抗假单胞菌属的青霉素类、头孢菌素类、单环β内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类、碳青霉烯类、氯霉素类和利福平均耐药的菌株 (中介菌株划为耐药) 。)

 

  图 肺泡灌洗液镜检结果

 

  图 肺泡灌洗液培养结果

 

  经过后续治疗,患者各项生理指标逐渐正常(白细胞7.56*109/L,降钙素原(PCT)0.05 ng/ml,C-反应蛋白(CRP)12.46mg/l),于4月25日转出ICU,送到普通病房进行下一步治疗。

 

  4、治疗体会

 

  4月17日外周血、导管血、肺泡灌洗液同时送微生物室和mNGS检查。

 

  ——从反馈结果来看各项检测结果一致,表明测序从结果上高度可信。

 

  ——mNGS仅需48h就可以对肺泡灌洗液鉴定出结果,传统微生物室培养需要5天之后才回报,在时效性宏基因组占据上风,对临床来说是一大利好。

 

  ——同时mNGS检出OXA-73和ADC-82耐药基因,对头孢菌素类、青霉烷等耐药,与痰培养、肺泡灌洗液的培养结果高度一致,展示了宏基因组测序在临床诊断中的优势。

 

  ——另外宏基因组测序还可以提示其他种类的细菌、病毒等参考信息,可以帮助医生快速、精准的找到致病菌,为临床的治疗提供有效的治疗帮助。

 

  在很多临床治疗的过程中,微生物室的培养技术、条件不同,导致对细菌、真菌等检出率不同,同时后续的药敏试验也有众多不确定因素,给临床病原菌的确定带来了不少困惑。mNGS恰好可以弥补目前临床的痛点,相信今后一定会在临床发挥更重要的作用。

 

  参考文献:叶勇,于荣国.泛耐药鲍曼不动杆菌肺炎治疗47例分析[J].吉林医学,2011,32(06):1058-1059.

 

  关于金匙医学

 

  “金匙Genskey”取“基因钥匙”的含义,寓意企业以基因科技作为破解感染诊断难题的金钥匙。金匙医学研发中心坐落于北京中关村昌平生命科学园,是中关村高新企业,第三方医学检验所分别位于天津、上海,另在天津建有GMP车间,生产病原诊断医疗器械。金匙医学的核心技术是感染病原高通量检测技术,为广大医疗工作者提供全面、准确、快速的病原微生物检测产品及服务。金匙医学已获得数个I类,II类注册证,2项已授权发明专利,二十余项计算机软著。

 

  金匙医学与中日友好医院、北京大学人民医院、四川大学华西医院等顶级医学院所建立了深入合作关系,面向呼吸、血液、重症、检验等科室,提供病原微生物宏基因组诊断产品及检测服务的整体解决方案。

 

  在新型冠状病毒疫情期间,金匙医学联合四川大学华西医院开展SARS-Cov-2变异分析研究,并在国际病毒学权威杂志Journal of Virology发表合作研究论文。同时,金匙医学开发的“新型冠状病毒(2019-nCoV)IgM/IgG抗体检测试剂盒(胶体金法)”、“新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测试剂盒(荧光PCR法)”和“新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测试剂盒(可逆末端终止法)”均已经取得CE准入资格。金匙医学共计四个产品通过CE认证,分别涵盖二代测序、PCR、胶体金三种技术平台,满足各种临床检测和科研需求,为全球疫情防控贡献重要力量。

 

 

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